Filippo Re nacque nel 1763 a Reggio Emilia, dove suo padre, dopo aver acquistato numerosi terreni, aveva ottenuto il titolo di conte. Filippo studiò dai Gesuiti a Ravenna e terminò gli studi a Reggio Emilia, diplomandosi in scienze matematiche. Fin da ragazzo si dedicò allo studio agrario, approfondendo le ricerche in lunghi viaggi sull'Appennino e in Toscana, narrati in un’intensa corrispondenza con la cognata.
Nel 1789 venne nominato professore di agricoltura nella scuola creata da Ercole II nella città emiliana. In questo periodo raccolse un erbario con 7835 esemplari, che oggi si conserva nel Museo Civico di Reggio Emilia. In politica partecipò ai moti che portarono alla formazione dell’Italia Cisalpina.
Nel 1803, per volere di Napoleone, ottenne la cattedra di agricoltura presso l’Università di Bologna, di cui, divenne rettore nel 1806.
Dopo la Restaurazione, che riportò Bologna sotto lo Stato della Chiesa, Filippo Re tornò nel Ducato di Modena e Reggio. Qui gli venne offerta da Francesco IV una cattedra universitaria, che manterrà fino alla morte, sopraggiunta nel 1817 a causa del tifo.