Nel 1600 venne costruita a Trani una chiesa dedicata alla Madonna del Carmelo, sui ruderi della chiesa cinquecentesca di S. Giovanni della Penna, di cui è rimasta la parte inferiore della facciata.

Vi fu aggiunta, nel 1863, la torre campanaria, con la cella superiore in stile neoclassico.

All’interno della chiesa si possono ammirare numerosi dipinti tra cui la famosa Madonna della Fonte del XIV secolo, la Crocifissione e Sant’Anna che insegna a leggere alla Vergine di Francesco Marchese e la Madonna del Carmine col bambino di Nicola Benzene, del 1774.