La Chiesa di San Francesco d’Assisi è forse la più antica di Cerignola, anche se quella che si vede oggi ha ben poco della chiesa originaria, avendo subito, nel corso degli anni, diverse ristrutturazioni e ampliamenti. Non si hanno molte notizie sulle sue origini, ma si presume risalga al XII secolo.
Si hanno molte più informazioni, invece, sui lavori di ristrutturazione che vi si svolsero nel XVI secolo, quando fu costruito il campanile, inserito poi nella terza navata, e furono aggiunte sei cupole poligonali. Successivamente, furono costruite altre cappelle nella navata laterale destra e fu ampliato il presbiterio.
E’ anche conosciuta come Chiesa Madre, titolo che perse nel 1934, con l’apertura del Duomo e la dedica a San Francesco.
Anche la BB.CC.AA. della Regione Puglia ha operato dei restauri conservativi nel 1975.
